以前 osProfile が存在しない Windows の Azure VM の修正方法 という投稿をしましたが、Azure VM では OsProfile を設定することで、VM の展開時に OS の設定を変更することができる仕組みが提供されています。
PowerShell で実行する場合は、New-AzVMConfig を使用して、OSProfile プロパティを操作することになるのかと。
Windows の VM を Azure で展開する場合、カスタマイズしたイメージを作成する場合、イメージのカスタマイズを実施して イメージ作成前に VM をプロビジョニング解除または一般化し、マシン固有の情報を削除します の方法でイメージ化するのが一般的な方法となります。
日本で VM のイメージを作成する場合、日本語化の設定 を行った状態でイメージ化して、展開を行いますが、このイメージを単純に展開すると、イメージ化する前に日本語のタイムゾーンに設定をしていても展開時には UTC のタイムゾーンとなり展開が行われます。
イメージを展開した直後に任意のタイムゾーンを設定した状態にしたい場合には、前述の OsProfile の WindowsConfiguration の TimeZone を使用することで、UTC 以外のタイムゾーンを設定した状態で展開することができます。