Azure SQL Managed Instance (MI) で試したいことがあったのでデプロイして触っていたところ、MI でプライベートエンドポイント接続が設定できるようになっていました。
従来まで異なる VNET の MI に対してのアクセスについては、仮想ネットワーク ピアリング を使用していたかと思いますが、プライベートエンドポイントがサポートされたことで、VNET 間を接続しなくても、プライベートエンドポイント経由で、異なる VNET から MI に対して接続を行うということができるようになります。
Azure SQL Managed Instance の接続アーキテクチャ のドキュメントもそのうち更新されるかもしれませんね。
本投稿を書いている時点では、日本語のドキュメントには、プライベートエンドポイントに対応したリソースに MI は追記されていなかったのですが、英語版のドキュメントの What is Azure Private Endpoint? を確認したところ、SQL Database だけでなく MI についても追記が行われていました。 
2021/12/11 に Added SQL MI Private Endpoint Info として、ドキュメントが更新されていますので、今月に入ってから追記が行われたようですね。
プライベートエンドポイントが使用できるようになったことで、MI のネットワーク設計の柔軟性が向上して何よりです。