複数の NIC を使用している環境で、特定の NIC でのみ RDP の要求を受け付けたい場合は、「HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\lanatable」の LanaId (Local Area Network Adapter ID) を、「HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\WinStations\RDP-Tcp」の「LanAdapter」に設定するという方法をとることがあります。
詳細については、You can not establish a Remote Desktop session to a computer running one of the affected products. に記載されています。
環境依存になると思うのですが、使用している環境によっては LanaId を確認する際に使用するレジストリである、「lanatable」のレジストリキーが存在していない場合があるようですね。
最近、仮想環境でしか実際に稼働する環境を構築していなかったので気づいてなかったのですが、物理環境等で、レジストリキーが存在しないケースがあるようです。
(このレジストリキーは NIC が 1枚の場合でも設定が行われます)
このような場合、LanaId をレジストリから確認することができないため、一度 How to set the network interface for RDP in Windows Server 2012? に記載されているような WMI 経由での情報の取得を行うとよいようです。
gwmi Win32_TSNetworkAdapterSetting -filter "TerminalName='RDP-Tcp'" -namespace "root/cimv2/Te rminalServices"
このコマンドを実行すると lanatable のレジストリが生成されますので、これで冒頭で紹介した KB の情報の通り、レジストリベースで情報を取得することが可能です。
WMI の情報は以下のような形で取得されますので、WMI で取得した情報をベースに、変更してもよさそうですが。