以前から調べていたのですが、まとめられていなかったので。
詳細については SQL Server 2016 DTC Support In Availability Groups が公開されている情報で、一番まとまっているかと思います。
High Availability Enhancements / Enhanced Always On Availability Groups in SQL Server 2016 に記載されていますが SQL Server 2016 の AlwaysOn 可用性グループでは分散トランザクションがサポートされるようになっています。
Always On Availability Groups supports distributed transactions and the DTC on Windows Server 2016. For more information, see Support for distributed transactions.
以前からの分散トランザクションの制約ついては、
データベースミラーリングをクロスデータベース トランザクション または分散トランザクションと併用する場合の問題 データベースミラーリング (DBM) 利用時のアプリケーション設計・実装の注意点
を確認しておくと良いかと思います。
SQL Server 2016 の実装については、上記の実装を踏襲しつつ、インダウトなトランザクションの解決方法が変わっているという形になるかと思いますので。
# 従来までの一律ロールバックが、トランザクションの状態を確認して、整合性を保つようになっているのかと思いますが、実動作レベルでそこまで確認ができていません。