SQL Server 2012 で SSIS (SQL Server Integration Services) のパッケージである dtsx を作成する場合は、SSDT (SQL Server Data Tools) を使用します。
SQL Server 2008 R2 までは BIDS (Business Intelligence Development Studio) を使用していました。
これらのツールではパッケージの構成が異なるようですので軽くまとめてみたいと思います。
■SSDT で従来型のパッケージを作成
SSIS のパッケージで接続マネージャーのような本番 / 開発で接続先が異なるものに関しては、構成ファイル (dtsconfig) を使用して接続情報を外部ファイルに切り出すということをしていたかと思います。
構成ファイルを作成する場合、制御フローやデータフローを選択した状態で [SSIS] → [パッケージ構成] を選択していたかと思います。 
SSDT で同様の操作をしてみると、[パッケージ構成] が表示されません。 
SSDT で作成できる SSIS のパッケージは以下の 2 種類のモデルがあるようです。
- プロジェクト配置モデル
- パッケージ配置モデル
デフォルトの状態では [プロジェクト配置モデル] となっているようで、このモデルの場合は外部構成ファイルではなく、SSISDBの環境でパラメーターで定義をしていくようです。
従来のパッケージ構成にしたい場合は、プロジェクトを右クリックして、[パッケージ配置モデルに変換] を実行します。 
パッケージ配置モデルに変換することで、[パッケージ構成] を使用することができるようになります。 
プロジェクト配置モデルに関しては以下の記事が参考になるかと思います。
Integration Services に導入されたプロジェクト配置モデル
Integration Services プロジェクト配置モデルのパッケージ管理
プロジェクトは一モデルの場合は、SSISDB に配置することになるようですので従来と管理方法が変わってきそうですね。