最近の Windows の Azure VM には、.NET Core 3.1 / .NET 5.0 / .NET 6.0 がインストールされていますが、標準の設定では Windows Update で更新の対象とならないようでした。
.NET Core 3.1 以降を Windows Update で更新対象とする必要がある場合、次の作業を実施する必要があるようです。
私が確認した範囲では次の二つの作業が必要となるようです。
- Windows Update の Windows の更新時に他の Microsoft 製品の更新プログラムを受け取る を有効にする
- .NET Automatic Updates for Server Operating Systems に記載されているレジストリを設定する
(今回は .NET のキーの配下で設定し、3.1 / 5.0 / 6.0 を更新対象としています)
数年前の情報ですと、「Windows Update の Windows の更新時に他の Microsoft 製品の更新プログラムを受け取る」の有効化で、.NET を Windows Update の対象とすることができるという内容があったのですが、Windows Server 2022 で検証した範囲では、上記の二つの設定を両方とも実施する必要があるようでした。
これで、Windows Update を実行した場合に .NET も更新対象となります。
今回は、検証のため .NET Runtime 6.0.7 をインストールした状態にしています。
.NET 6.0 については、2022/9/28 時点では、6.0.7 は最新ではなく、セキュリティ修正プログラムがいくつか提供された状態となっています。
上述の設定を実施している状態であれば、.Windows Update を実行することで、.NET 6 も更新として含まれるようになり、6.0.7 を使用している環境であれば、6.0.9 が更新対象として認識され適用が行われます。 
.NET Core 2.1, 3.1, and .NET 5.0 updates are coming to Microsoft Update では、他の Microsoft 製品の更新プログラムを受け取る状態にして、.NET を対象外とする場合は「BlockMU」で Microsoft Update からの適用をブロックするとなっていますが、環境によってはデフォルトがブロックされている状態なんですかね。