細かな動作まで見れていないですが、非クラスター化列ストアインデックス付きのテーブルに対して、SSIS で一括ロードを実施していた際に、意識しておいた方がよいかなと思ったポイントをいくつか。
今回は、クラスター化インデックス + 非クラスター化インデックスのテーブルに対して、「フラット ファイル ソース」で読み込んで、「ADO.NET 変換先」でインポートする単純な ETL を使っています。 
なお、列ストアインデックスについて困ったら Niko Neugebauer を見るのが鉄板かと。
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