以下のようなディスク構成になっている場合に、OS で使用しているブートのディスク以外を使用して、記憶域プールを PowerShell で作成するサンプルを。 
荒いですが、以下のようなスクリプトでできそうでした。
$DataDisk = Get-Disk | Where-Object {($_.BootFromDisk -eq $false) -and ($_.PartitionStyle -ne "RAW")}
# RAW パーティション以外の場合はディスクをクリアする (RAW パーティションの場合はクリア済み)
Clear-Disk -Number $DataDisk.Number -RemoveData -Confirm:$false
$pd = Get-PhysicalDisk | Where-Object {$_.CanPool -eq $true}
New-StoragePool -PhysicalDisks $pd -FriendlyName "Disk Pool" -StorageSubSystemFriendlyName *Spaces*
New-VirtualDisk -StoragePoolFriendlyName "Disk Pool" -ResiliencySettingName Simple -UseMaximumSize -Provisioningtype Fixed -FriendlyName "Database Disk"
$vdisk = Get-Disk | Where-Object {$_.PartitionStyle -eq "RAW"}
$vdisk | Initialize-Disk
$part = $vdisk | New-Partition -UseMaximumSize
$part | Set-Partition -NewDriveLetter "E"
$part | Format-Volume -FileSystem NTFS -Confirm:$false
実行すると、ブートディスク以外をクリアしてシンプルのレイアウトで仮想ディスクを作成します。
見直すとワンライナーでかける箇所がたくさんあるかと思いますが…。