Agent 365 のエージェント ID では、エージェント自律アプリの OAuth フロー – アプリ専用プロトコル がサポートされています。
このフローはエージェントでエージェント ID を使用した認証フローで利用されるという理解でいます。
利用されるケースとしては、独自に開発したエージェントに Agent 365 のエージェント ID の機能を Agent 365 SDK を用いて追加、Microsoft Foundry のエージェントに追加した ツールの認証 などで使用されることがあるのではないでしょうか。
トークンの取得フローとしては冒頭のドキュメントの次の流れとなります。
Microsoft Foundry からエージェント ID で通信した場合に、どのようなトークンが取得されているのかを確認したことがありませんでしたので、Dev Tunnel を使用してトークンを確認してみたという内容です。