クライアントを設定するときには、ポータルから [Office デスクトップ アプリケーションのセットアップと構成] を実行するという方法もありますが、これを実行するためには管理者権限が必要となります。 
企業に展開する場合、管理者権限を持っていない場合もありますので、このツールは実行できない可能性があります。
今回はOffice 365 用のクライアント設定をグループポリシーを使用して設定する方法についてまとめてみたいと思います。
いくつか足りていないものがあるかと思いますが、基本的な設定はグループポリシーで設定可能かと。
手動で設定するための方法は
Office 365 用にデスクトップを手動で更新して構成する
Office 365 デスクトップの更新を手動でインストールする
Office 365 環境の SharePoint Online サイトで Outlook Web App Web Part を表示すると現れるエラーメッセージ："このコンテンツをフレーム内に表示できません"
Office 365 SharePoint Online で"エクスプローラーで開く"のオプションを使用する方法、およびこのオプションに関する問題をトラブルシューティングする方法