Enterprise Edition の場合は、一つの可用性グループに複数のデータベースを配置することができますので、他の DB との JOIN については、必要となる DB を特定の可用性グループにまとめればよいのですが、Standard Edition の場合は、機能の制約があるためそうはいきません。
Standard Editoin では、セカンダリレプリカを読み取り専用として使用することができませんので、以下のような配置になった場合、DB1 と DB3 のテーブルを JOIN するということができない状態となります。
そもそもとして、リスナーを経由しないアクセスを使用としているのが問題なのですが、実際の利用シーンではこのような配置になった状態で、クエリ的に JOIN をしたい要望というのは発生してしまうかと思います。